知音漫客创刊于2006年1月1日湖北武汉，母公司为知音传媒，创始人为朱家君（又名李靖），首印10万册，朱家君将初始价格定每册2元[1]。2008年，知音漫客入选中国新闻出版总署扶持原创动漫作品项目[6][7]，获得20万扶持基金[8]。2010年，知音漫客入选国家新闻出版总署“原动力”中国原创动漫出版扶持计划[6]，2011年知音漫客得到湖北省新闻出版局分配的报刊发展专项引导资金100万元[9]。

2007年10月杂志创办下半月刊，每月发行24万册，投资亏损94万元；2008年10月改为旬刊每刊64页，每月发行84万册，利润260万元；2009年3月，月发行量达到102万册，每期增长10%，而国内外期刊杂志因受金融危机的影响发行量普遍下滑[10][11]，2009年10月，知音集团斥巨资1000万[12][13]，知音漫客改为每周一刊每刊80页[1][4]，收入达2800万元[14]。2010年月杂志发行量达260万份[15]。2012年杂志月发行量突破520万，成为中国第一，世界第三，次于日本《周刊少年Jump》和《周刊少年Magazine》[16]。2013年，知音传媒实现营业收入5.79亿元。期间知音漫客的销售收入为1.96亿元，依托知音漫客的其他动漫期刊和图书销售收入为1.89亿元[17]，年净利润5000余万元[18]，知音漫客的出版物销售收入超越《知音》杂志，占知音传媒总营收的6成多[19]，月发行量650万份，成为中国第一，世界第二[20]。2013年末累计发行近16亿册[21]。2015年，知音漫客占据中国漫画杂志发行80%的市场，月发行量超700万册[22]。

2014年5月25日，知音传媒举报朱家君，朱家君被警方带走调查，同时知音传媒解聘朱家君，而在此前朱家君与知音传媒其他高管不和[17]。最终朱家君因受贿1万被判刑8个月，出狱后朱家君和知音漫客的其他主要创始成员创办了《好漫画》[23]。2014年8月29日，知音董事长胡勋璧因裸官被免职[24]，而知音传媒正计划IPO6.9亿元人民币，其中4.47亿元投资于动漫产业[25]。

2023年5月18日，有网友晒出了湖北省新闻出版局的批复文件，文件显示“湖北知音传媒集团有限公司：你司《关于〈漫客绘心〉〈漫客绘意〉休刊的请示》已收悉，经研究，同意《知音漫客》《漫客绘心》《漫客绘意》休刊”。文件显示休刊时间，从2023年5月至10月。

2025年4月18日，知音漫客官方微博宣布《知音漫客》将于年内复刊。[26]