石門得名於大老山公路旁的石門山，它是女婆山西北支脈，山上有不少奇石巨巖，怪石嶙峋。[3]現時稱為「石門」的區域，在1970年代尚未填海前，是沙田海的一部份，當時的海岸線大約位於現今大老山公路一帶，而當年的石門就是位於沿岸的位置。填海後，這大幅土地繼大圍和火炭之後，被劃為工業區。但在石門站啟用前，除了石門交匯處外，該區並沒有任何以「石門」命名的建築物及地標，沙田居民一般稱該區為小瀝源。

1990年代由於香港工業北移，石門工業區重新規劃，將區內發展地盤面積加大，增加樓宇使用效率，再放寬建築高度；而區內因應大型車輛的需要，加大道路的轉角位角度，行人道亦相應加闊，為美化環境，加上種植地帶。政府逐步放寬對工業區的規劃限制，更於2000年起轉型成商貿區。區內的工貿大廈群與三個靠近城門河的私人屋苑以大涌橋路分隔。

2010年一幅位於安耀街、安群街與安麗街交界、沙田市地段第433號的商貿用地，以8.16億元批予滙豐銀行，年期為50年。滙豐表示將於該地建後勤中心。同年政府有意在安興里興建骨灰龕場，遭到當地居民強烈反對。

2011年底，億京發展投得的兩幅靠近馬鐵石門站的安群街商業地皮，其中安群街1號最近拆售成交呎價約8,000多元，而2014年，新地以6.7億奪得石門安耀街商貿地。

到2013年，政府為解決住屋單位不足問題，房署興建4幢樓高33至47層的超高層公屋，提供3,010個單位，於2014年動工，預計2017年入伙。[4]

到2016年5月，政府有意於石門興建有4萬個龕位的公營骨灰龕場，雖居民強烈反對，但區議會以25票贊成，3票反對，8票棄權下，通過支持興建。[5]

到2017年京瑞廣場落成後，由於商場以特色的街坊小店為主，吸引了不少人特地來覓食，導致區內人流大幅增加，亦成為新興商貿地帶。[6][7]